3、隔离区
隔离区全称应该是粪污处理与生产隔离区，该区域主要是负责场区的病畜隔离治疗、病死畜尸体处理及粪污处理。在主风向上该区域处于生产区下风向，并与生产区有一定距离。进入该区域的人员是场区生产相关人员，但生产人员经常在此区和生产区来回，所以消毒非常关键，此外，生产区的粪污通过污道运输到此区域进行处理，车辆进出也非常频繁，所以对车辆的消毒也是必不可少的。所以在该区与生产区之间应该设立消毒室和消毒池，对进出车辆、人员进行严格消毒。
此外，隔离区的粪污经处理后要运出场外，经常有人员和车辆出入，所以在设计时应注意对车辆或人员的消毒，以防外界病原进入。
二、净道和污道的设置
净道主要用于畜禽周转、饲养员行走和运料等;污道主要用于粪污等废弃物出场。净道一般通过消毒池或消毒室与生活区相连接，而而污道则与隔离区相连。净道和污道的设计与布局不仅要科学合理，还要便于行走，便于生产管理。在场区规划设计时，要充分考虑生产区净道和污道的安排，两道彻底分开，不容许交叉，细节上应该要求在净道末端设置障碍或相关提示语，以提示饲养人员，同时应该注意对饲养员和生产相关人员的培训，提高净道污道意识。在行走方向上，净道容许往返行走，而污道一般为单向行走。
三、存在的问题
1、从目前情况来看，新增规模养殖从业人员多数来自其他行业，对科学养殖意识薄弱，科学生产管理知识缺乏，投资或建设缺少咨询，当然专业咨询行业发展滞后也是限制因素之一。
2、关于规模养殖场建设布局，在某些方面，现阶段的有关标准、规范规定不清楚，还需进行研究或相关修订。比如，养殖场内净道污道中关于病畜行走、出栏牲畜出栏使行走、挤奶牛挤奶路线的行走等，对这些细节方面的合理设计，目前应该是十分缺乏。
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