这项措施是现代养猪业成功的关键。猪舍最好设计成小单元式的。猪舍内外净道与污道分开，走过污道后绝不在没消毒的情况下走净道。舍与舍之间要有专用的转猪通道，转猪前后都要对通道、猪只、猪舍充分消毒。有条件的可以在母猪从妊娠舍转入产子舍前过一通道，上有淋浴，下有温水池，最好有人按摩刷拭其身上污物和消毒。将产期接近的母猪(一般是一周内的预产期)安排于同一产房内，这样断奶时一起断走，做到彻底消毒，断奶后几乎是同期发情，一般3天～7天能发情配种，方便操作和管理，返情观察也方便。这样操作同批母猪又进入下一次循环，断奶猪只统一进入保育舍，保育结束后又一起进入育肥舍，各个舍的大小配套，流水化生产，各阶段都实行全进全出。而且，由于猪只日龄接近，应激小，少得病，即使得病也较为单一，诊断和治疗都相对容易。实际生产中，许多猪场由于规模不大，或者各阶段大小不配套，无法全进全出，但至少要保证同一栏内和相近栏内猪只体重日龄接近。有的猪场为了节约空间，将日龄差异太大的猪只混养在一起，甚至僵猪也关在一起，造成猪只短时间可能不发病，时间一长就暴发，而其病情很复杂，得不偿失，为什么?原因可能是大一些的猪抵抗力和适应力好些，带毒而不发病，小一些的抵抗不住大一些的猪带来的病菌，容易发病，而且病情加重后可能大猪也抵抗不住了，也可能发病，使病原和病情都变得复杂化。
6 消毒问题
消毒大致包括消毒池消毒、带猪喷雾消毒、空舍消毒、饮水消毒、环境消毒等几方面。在猪场入口、生产区入口、猪舍入口应设置消毒池。猪场门口、生产区门口的消毒池要有足够的长度和深度，长度要有进出最大车轮周长的两周以上为好，消毒药液要选择成分差异大的几种，轮换使用，但不是有的人理解的今天用这种，明天用另一种，一般使用一种药液两周左右再轮换。进出生产区要有专用车辆，售猪台要修建于生产区外，绝不允许脏车进出生产区，不允许生产工人接触购猪车辆。带猪喷雾消毒药选择高效低毒、刺激性小的药液，喷雾操作时喷头要斜向45度左右向空中喷洒，直到地面湿透为止，不能对着猪只喷洒。
7 重大传染病处理
当重大传染病发生时，要早发现、早隔离、早治疗。控制传染病就像消防队员扑灭森林火灾一样，要及时发现起火点，尽快将其消灭在萌芽状态，在还没蔓延开来的时候就要通过隔离、消毒，将传染源圈定在小范围内，不让其多点暴发。这样操作再可怕的传染病也不容易散布开，那就不可怕了。生产中还要注意这期间人员一定要固定好，不能乱串，隔离时划定一定的区域，可将可疑猪周围的猪一起隔离，相对安全的猪只移走，将可疑猪只孤立起来，而其他安全的猪只在这个期间禁止转舍。饲喂病猪要有专人饲养，无法专人饲养的情况下要在饲喂完健康猪后再饲喂可疑猪，最后才是病猪，用具一定要分开，使用完后要消毒。对于病猪要及时诊断，标本兼治，对无价值的猪只及时淘汰或处理，解剖、深埋等操作一定要注意人身安全和避免人为散毒。
8 管理者注意
生物安全制度是人制定也是人来执行的，再好的制度没有正确的执行还是一纸空文。很多猪场到处张贴各种制度，结果都执行不到位。作为猪场管理者要不断学习提高，制定出科学合理的生物安全制度，定期为员工做一些生物安全和养猪治疗方面的培训，提高他们的主人翁精神和生物安全意识。
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